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オランダ坂上の東山手キャンパスは、長崎港を望む美しい校庭と歴史ある校舎に、パイプオルガンやコンサートピアノ、レッスン室・練習室、レコーディングルーム、アンサンブルルームなどを設備。音楽学部・音楽学科では、声楽、器楽(ピアノ・パイプオルガン・管弦打楽器)、作曲の「演奏表現コース」と、社会に貢献する音楽人を育成する「音楽文化コース」を設置。2020年度より長崎OMURA室内合奏団と協定。